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电影里给出了两个故事，一个是艳丽惊险的印度版鲁宾孙漂流记的动物故事，一个是残酷的为生存下去而不得不人吃人的人的故事。动物故事占了这个电影的绝大部分，场景壮丽，故事曲折丰富，令人赏心悦目。很多人在看到Pi到达墨西哥海岸获救就以为电影应该结束了。但接下来，Pi在单调封闭的病房，用短短几分钟叙述了人吃人的故事。
我们应该相信哪个故事是真的？这个是电影留给观众的问题。不过，电影还是给出一些判断的线索：如日本保险公司调查员指出的，香蕉不会漂浮，还有海藻岛：生长在非洲平原的猫鼬（meerkat），如何会生存在一个太平洋的漂浮岛上？这些太胡扯了。不过，Pi的人吃人的故事也必不是完全真实的。
当我随着电影的叙述，看完第一个动物故事，我几乎完全被美丽的场景所征服，根本没有怀疑故事的真实性，对第二个人吃人的故事，采取忽视的态度，认为是Pi在日本人的压力下信口编的故事。但当小说家总结道：所以，斑马是水手，鬣狗是厨师，猩猩是母亲，老虎是你。我突然意识到：两个故事都是真的，也都是编的，只有把俩个故事结合在一起，才能知道到底发生了什么。
第一个动物的故事，真实的是情节，而故事中的动物角色是隐喻的。而第二个人吃人的故事，角色是真实的，情节基本真实，但Pi还是隐瞒了什么。只要我们把动物故事中的动物，用人的故事中的角色替代，并保留动物故事中的情节，那么我们就可以基本还原真实。
我们可以确定的是：厨师吃了水手，并在争吵中杀了母亲，而Pi杀死了厨师。Pi也承认了吃人。那么Pi吃了谁？他吃了水手，也应该吃了厨师。但他吃了母亲了吗？在动物故事中，没有直接描写老虎吃猩猩，但猩猩的尸体和老虎都留在了船上。而人的故事中，厨师把母亲的尸体抛下大海。如果我们相信动物故事的情节，那么我们只能相信，老虎吃了猩猩，也必然推断出Pi吃了母亲。在人的故事中，Pi必然隐蔽了他吃母亲的这个残酷事实。
海藻岛的存在，也是暗喻Pi吃母亲。Pi登上岛，吃了一个粉红的植物根茎，如同啃一个带着血的骨头。岛上的水潭，晚上化为酸，消逝了动物的尸体，如同人的胃消化了食物。当Pi离开海藻岛，从远处看，海藻岛的轮廓变成了一个女性的睡姿。这个沉睡的女性形象，也出现电影开始时，Pi崇拜的印度教女神像。你可以把这个暗喻理解为神的救助，但我认为母亲更合适。Pi用这个海藻岛，暗示了自己靠着吃母亲的身体，获得了生命的延续。但Pi对吃人罪恶的恐惧感，使他逃离了海藻岛，也即是自我摆脱负罪感的一个表现。
还有更多的暗喻，比如被Pi捕获的彩色大鱼，Pi做的木筏，老虎的兽性和Pi降伏老虎等等，都值得玩味体会。如果能理解暗喻，那么要理解发生了什么，就不太难了。