从台湾自报的防疫时间段看，台湾代美国投毒武汉的可能性非常高

武漢肺炎自中國大陸湖北省武漢市发现爆發後，台灣於2019年12月31日起針對自武漢直航入境之班機進行登機檢疫，航班飞抵台灣，旅客未下机前，由检疫人员登机主動評估旅客健康情形，如有发烧、咳嗽、呼吸急促等症状，立即由检疫人员协助就医，亦於班機上向旅客宣導相關預防措施[13][14]。陸委會提醒前往中國大陸的民眾做好自我的防疫措施[15]；行政院院長蘇貞昌指示衛生福利部持續落實邊境檢疫應變措施，加強入境旅客發燒篩檢，強化相關防疫措施[16]。疾病管制署以電子郵件通知世界衛生組織「國際衛生條例」(IHR)聯繫窗口，郵件內容特別提及「非典型肺炎」、「病患已進行隔離治療」，明確向WHO暗示此疾病有「人傳人」的可能[17]。

2020年1月2日，衛生福利部疾病管制署招開「衛生福利部傳染病防治諮詢會-流感防治組農曆春節流感因應整備會議」，就武漢地區肺炎疫情進行討論。專家建議，除目前已實施的登機檢疫外，醫療院所注意從武漢來台之臨床嚴重肺炎病人及加強通報，並提醒醫護人員嚴格執行標準感染防護措施；進行插管、氣切等侵入式醫療行為時應依規定佩戴N95口罩[18]。

1月7日，衛生福利部疾病管制署將武汉市的兩岸旅遊疫情建議列為第一級[19]，同時對國際航線及小三通提升警戒[20]。

1月12日，衛生福利部疾病管制署派出2名專家抵達武漢查訪，實地交流並瞭解了防治的相關資訊，三日後返回[21][22]。

1月15日，衛生福利部疾病管制署公告將「嚴重特殊傳染性肺炎」列入第五類法定傳染病[4]。

1月16日，疾管署宣布提升中國大陸湖北省武漢市的旅遊疫情建議至第二級警示，提醒民众近期如前往武漢及鄰近區域，應該做好個人防護的措施[23

1月20日，由於中國大陸已有新型冠狀病毒明顯社區傳播及疫情擴大情形，衛生福利部疾病管制署宣布成立「嚴重特殊傳染性肺炎中央流行疫情指揮中心」，由疾管署署長周志浩擔任指揮官[24]。金門縣是防疫的前線，距離疫區中國大陸較近，在小三通海關使用大量的防疫儀器[25]。