新冠疫情之我见（4）－病毒源头和零号病例

新冠疫情之我见（4）－病毒源头和零号病例

美国老地雷

（2/7/2020于美国）

首先，为李文亮医师的去世默哀三分钟，RIP.  

重申：本人发表的任何东西只代表我自己的观点，不代表任何政府机构。大家有纠结的问题，仍然咨询你们当地的卫生部门或访问美国CDC网页。此文无需经过我的同意可以转发，但请勿篡改我文中的内容并请注明我撰文的日期。如果读者发现我的文章中有很大的错误，欢迎用悄悄话的方式跟我讨论。谢谢。

1.    病毒溯源

昨天临睡了，看到一则官方的新闻，华南农大和其他几所大学联合研究发布最新成果，指出穿山甲为新冠状病毒的潜在中间宿主。这事儿比较大，为了证实不是伪新闻，特意问了姑姑，看到新华社也发布了，这消息错不了。于是就开始阅读由jiemian.com发布的这则新闻。

文中重点有这几个：

1）穿山甲分离的病毒株和目前感染人的毒株序列相似度高达99%（嗯，这个数字够高）；

2）通过分子生物学检测，70%穿山甲带b冠状病毒（嗯，正是这该死的病毒！）；3）分析了1000多份宏基因组样本（嗯，这个样本量也不错）。

一边读一边想，接下去，流调人员应该去咨询那些跟华南海鲜市场有直接关联的人，问问他们有否和穿山甲（不是穿马甲哈）有任何关系（出售，购买，转卖，食用等等），我想起了一句英文成语，Shooting the fish in a barrel (意思是在小木桶里钓鱼，一钓一个准啊)。

一边读又一边想，再比较一下穿山甲病毒和华南海鲜市场环境采样分离出的病毒相似度这溯源的工作就齐活了呀，这么快！。用科学数据来辟谣，这是给造谣者最响亮的耳光。可是我读着读着，快到最后结尾了，看到这么一段，见图。

我记得读过中国疾控中心发表的报告，他们在1月22日已经把环境样本中的病毒排序做好了并上传到数据库。疾控人员采样了500+个样本（好像582？），33个阳性，大多数阳性样本来自华南市场的西区，那里是野生动物交易场所。我记得还有一个阳性样本来自华南市场的垃圾车。怎么叫市场已经消毒，追溯比较难？分析比较一下不可以吗？沈教授还说，穿山甲只是潜在的中间宿主一种，中间宿主可能有多种野生动物，后期研究会继续关注。嗯，我会关注！

最近老是听到基因序列这个词，我不知道大众中究竟有多少人懂这个序列在流行病学调查中的作用。是病毒学家也不是做实验的专家，我是一个从事流行病工作的普通人。在基因排序方面也是一个外行。不过，我想下面做一个简单比喻来帮助大家理解这个基因排序和在流行病学上的运用。

让我们一起想象并做个假设，在你面前有五本书（A，B，C，D，E）。是由一页一页有封面有目录有25个章节大约有29000个字组成的一本书，每章约有1100多个字。基因排序就等于把这五本书分别放到五个Shredder里面先打碎，然后把纸片拿出来，用高科技把它们分别排好，有目录，有章节，有每句话，有正确的标点符号，每句话由每个单词组成。每句话的意思很make a sense，让读者读得懂。重新组织好后，然后把这五本书摆在一起做一个比较。比如说

A – 代表最开始在武汉病人的病毒

B – 代表最近在美国发病的病人的病毒。

C－代表蝙蝠身上的冠状病毒。

D – 代表穿山甲身上的冠状病毒。

E－代表华南海鲜市场环境样本分离出的病毒。

比较有这么几种情况：

目前发表的文章证明了书A和书B几乎一样，也许就是某一个章节某一句话几个单词（7-8个单词）不同，但其他的完全一样，这两本书就是来自同一个作者。在流行病学上我们比较肯定地说，这个病毒还是那个病毒，目前没有变异。至于A1和以后的An或者和以后的Bn有否变化，那就要不断检测分析了。

书A和C比较呢，相似度结果是96.2%。这相当于书A和书C看上去差不多，厚度，页数，章节都一样。谁知当你读到有一个章节却完全不同，英文突然变成意大利语，你看不懂呢。这两本书是不是来自同一个作者呢？不确定了。Certainty大大地下降。

书A和书D比较呢，相似度99%（根据华南农大2月7日新闻发布）。这相当于两本书差不多，只是在某个章节的1100多个字中，有200多个字不同，对于读者来说理解这本书的意思没有多大影响。那这两本书是不是来自同一个作者呢？可能性比较大。

可是到现在没有看到跟书E比较的结论。华南农大可以做一下D和E的比较吗？如果相似度也达99%以上甚至99.9%或者100%，那穿山甲就是下一个调查目标。如果所有有华南市场接触史的病例都有直接或间接地接触过穿山甲，那穿山甲就是本次疫情的culprit.至于穿山甲从何而来，如何变为新冠的中间宿主，这又要花时间了。

我喜欢实验室研究人员和做现场流行病调查人员在一起工作，不是你做你的，我做我的。集思广益，取长补短，团队合作，利用数据互相服务对方，查到源头并能真正地控制，为人类健康谋福，那样的滋味才是真正地爽！那一刻，我会在心里说“我确实是在为人民服务”！（我发誓，我在工作的时候真是这么想的，因为我们单位有一个优质团队，Outbreak Response Team。）

疾病暴发的病原体的来源无非来自三种渠道，Natural, accidental, and intentional. 第一种占绝大多数，但是第二第三种历史上就有过，就不举例了。说实话，华南农大发布的穿山甲可能为潜在的中间宿主这一消息还挺让我高兴的。可是分析得还不够到位。期待科学家们更多的分析，再挖深一点。华南海鲜市场的数据在，样本在，基因序列在，即使现在消毒了也没关系啊，证据已经收集了呀，是不是？

还有一件事我想和大家分享。八十年代我在国内曾经做过几年毒理研究工作者，整天和大白鼠小白鼠兔子打交道做实验，我老实交待，我们经常吃做完实验的大白鼠，当然是对照组（没有接触过任何有害物质）的大白鼠啊，肉很细嫩鲜美。那时候实验室没有规定我们自己就这么做了，也没人管。来美国后才知道自己的举动有多么地荒唐和残忍。我相信现在21世纪的实验室应该十分规范化地管理了吧。

2.    零号病例

Index Case 零号病例指第一个出现的病例。调查零号病例需要资深的流行病学家，不仅要根据设计的表格问问题，更重要的是打开所有思路，大挖脑洞跟这个病人交谈以便找出以前想不到的原因。在我的系列文中第二篇中已经指出，根据发表的数据和假设，零号病例一定出现在12月1日前。1月24日在柳叶刀发表的文章，第一例的发病日期是12/1，这个病例是确诊的，因为作者用的数据是包括了实验室确诊病例.而这一例在1月29日发表在新英格兰医学杂志上的文章消失了没包含。以个人浅见，流行病调查的回顾性病例阅读应该再往前挪2-3个月，至少也得1个月。当然这是一个苦差事花时间花劳力。但是如果这事发生在美国，我们一定会往前推。直到确定前1-2个潜伏期没有一例才可以断定第一例在12月。万一有病例，那些（个）人才是重要调查的对象。再说，按照1月24日柳叶刀上发表的文章，12月1日发病的病例和华南海鲜市场没有关系，这种发现更得要好好调查了。时间往前推推吧，如果零号病例跟华南海鲜市场没关系，那么这问题比较大了。此处不敢多想了，流行病学调查和上面病毒源头调查必需要结合起来做。必要时，law enforcement需要介入。

目前阶段还是控制疫情减少死亡减少感染比什么都重要。我上面说的也许中国的疾控专家正在做着的。我没事干也就这么一说，一边说一边记录自己的thought process，也是一个学习的过程。

我又想，等疫情结束后，这个2019-nCoV可以当做所有医科大学公共卫生专业现场流调的一个很好的Case Study.  这样的案例真是一个好得不能再好的教材了。所以记录现在的一切也很值得。

最后祝大家保持冷静并记住WUHANF来保持你的健康和你周围人的健康，以防止此病毒在海外蔓延。这次多了一个F请大家留意，F很重要，很重要，很重要！在此一并感谢那些在2月2日前进入美国并自觉在家隔离14天的华人同胞，你们辛苦了，受累了，作为前政府工作人员，深深鞠躬！

Wash your hands often  (勤洗手)

Use masks properly and when necessary  （当需要时正确戴口罩）

Have your temperature checked for fever（用体温计测体温）

Avoid large crowds and stay home if you’re sick  （生病了呆在家不要去拥挤的公共场所）

Never touch your face with unclean hands （千万不要用的脏手碰你的脸）

Follow the recommendations and/or orders from your health authorities if you recently returned from China (20020202起从中国入境美国的所有人听从你们地区卫生部门的建议和命令)

相关文章链接：

1.    业内人士谈谈武汉新冠状病毒之1

2.    业内人士谈谈武汉新冠状病毒之2

3.    武汉新冠状病毒之我见3

关于我：毕业于中国某医学院公共卫生专业，1997年来美国留学2001年获科学博士学位，从2002年起“战斗”在美国某地区的Health Department，任职Sr. Epidemiologist (高级流行病学工作者)和流行病部门经理。去年光荣退休。“专家”谈不上，但是通过工作在美国第一线的17年中积累了不少经验，也学到了书本上学不到的知识。曾参与或领导了大几百个大大小小的传染病爆发，涉及的传染病有很多种，从空气传染的麻疹肺结核到呼吸道传染的百日咳和流感，从食物传播的甲肝和沙门氏菌肠道炎到蚊子传播的西尼罗河和塞卡，从环境传播或人到人传播的Norovirus到水传播在高尔夫球场的寄生虫疾病。也曾为地区0病例的萨斯（SARS），中东病毒（MERS），埃博拉（EBOLA）忙得不可开交。我也曾经和美国联邦CDC的专家并肩合作调查疾病爆发并发表文章，也曾和其他州的专家一起电话会议为一个传染病的暴发共同寻找传染源。曾经因为作为第一作者报道了一例特殊的超级细菌病例获得了全球的关注，那篇文章获得了当年美国CDC最受关注的文章第一名，获得全世界排名top 100 (分母数是2.2 million). 那年被来自好几个国家的几十家媒体采访，其中也包括美国主流媒体NBC News，CNN，STAT News).  传染病流行病现在已非我的工作，因为我退休了，但那是我的passions 之一。