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2006年到2007年,林飞帆就读暨南国际大学时,参加民进党的营队受到徐永明启蒙而成立社团暨大台湾社。林飞帆说:“这段经验影响我很大,其中一个部分是,后来我接触到左派学生运动社团的朋友,会让我对照这个起始点,因为愿意到这样封闭没有资源环境反而是政党,这让我后来在实践社会运动的时候,不会刻意要跟政党切割,我知道有些时候他们可以做一些事情有助于运动。”
在就读成功大学期间,曾参与野草莓运动,组织学校同学静坐,抗议中国国台办主任陈云林来台;并成立学生社团零贰社。
大学毕业后,进入国立台湾大学政治学研究所就读,曾任台湾大学研究生学会第四十四届会长。在担任研究生学会会长期间,参加反高学费运动,并推动研究生在担任研究助理时,学校将他们应纳入劳保,受劳基法保障。
曾参与反对海峡两岸经济合作架构协议运动,是ECFA学生监督联盟的召集人。又反对服贸协议运动,并为两岸协议监督联盟 世代正义小组 成员。而且他也是大学学生权利调查评鉴小组成员、《行南》南部跨校学生刊物 顾问、反对大学法人化阵线 成员、反对教育商品化联盟 成员。 之后又参加反媒体垄断运动、反台南铁路东移[5]等社会运动;另外,曾支持同性恋婚姻平权[6]与多元成家等议题,也曾发表支持台湾独立[7][8]的言论。