COVID-19之我见(7)-从数据到对策

作者:老地雷  于 2020-2-17 16:39 发表于 最热闹的华人社交网络--贝壳村

作者分类:热点杂谈|通用分类:热点杂谈

关键词:COVID

COVID-19之我见(7)-从数据到对策

 

美国老地雷

2/16/2020于美国)

 

声明:本人发表的任何东西只代表我自己的观点,不代表任何政府机构。大家有纠结的问题,仍然咨询你们当地的卫生部门或访问美国CDC网页。此文无需经过我的同意可以转发,但请勿篡改我文中的内容并请注明我撰文的日期并署名作者。如果读者发现我的文章中有很大的错误,欢迎用悄悄话的方式跟我讨论。谢谢。

 

关于病毒的来源,到今天为止以我对病毒学家发布的信息的理解和我自己作为流行病学工作者的分析,我觉得The origin of virus was most likely laboratory associated. 具体是实验室管理不善导致的病毒外泄是通过动物呢还是人呢有待于调查,但诸多病毒学家所说的P shuttle 不会在自然界的病毒中出现,这一点我很相信。既然相信了这一点,那病毒的来源与实验室相关也变成most likely了。除非有科学家证明华南海鲜市场环境样本中分离出来的病毒基因序列和人体以及穿山甲中病毒的序列相似度达到99%以上。不利用华南市场环境样本的病毒基因排序来做出的结论即华南海鲜市场的野生动物是这场暴发的源头是不令人信服的。从事Bioinformatics的专业人员不妨比较下面的毒株02(环境样本)和毒株01(人体样本)的基因排序。我不是专业人士,不然我自己去比较了。好奇怪啊!到今天我就没看到一篇用环境样本分离出的冠状病毒的基因排序写的报告和文章,太奇怪了!

 


 

202022日,我以我17年的工作经验在我的微信朋友圈作了一个大胆的预测,说了三点:

1)                 看湖北的数据来总结新冠状病毒不准确,一定要看其他地区的和海外的数据;

2)                 首例一定在12月前;

3)                 2/10-2/15之间会看到新增病例数下降,R0小于1了,疫情就会得到控制。

 

好,写此文时是216日(中国时间2/17),我花了点时间看了一下江苏省的每日疫情公布,评估一下自己的三个预测吻合度如何?当然第二个预测,我前面写过几篇文章,文章45都提到了零号病例的问题,有兴趣的朋友请在本文下方点击链接。

 

我根据江苏每日的文字报表列成表格再进行了一些简单分析。下面是根据江苏省的日报表我自己作的一张Epidemic Curve (流行曲线图),不难看出由于严格的控制措施,每日新增病例逐渐减少,希望这样的趋势继续,继续,再继续。。。


看到江苏省的数字,我先要向全体江苏的疾控人员和医护人员致敬!江苏人民有你们值得骄傲!

 

我来试图总结一下江苏的数字:

 

122日的第一例输入病例至217日,江苏共有626确诊病例,其中10例重症和危重病例,占1.6%,无死亡(0%)。36%的病例已经出院。疾控调查追踪发现了12373名密切接触者,即每个病例平均有20个密切接触者,76%的密切接触者已经结束医学观察(Quarantine),24%还在医学观察中。在122日到24日报告的308例中,有76例来自密切观察者(占25%)。这76例是从4584个密切观察者(1/22-2/3)发现的,所以比例是1.66%(这在我们专业上称为Secondary Attack Rate. 24日以后的报表中不含这样的信息所以无法计算。这个数字比我想象得要低,但是因为这个是广义的密切接触者,我不知道里面的分类(家人,同事,同学等)。我猜以后会有具体分析出台。大概计算了一下,江苏目前的发病率是每10万人中不到一例(~0.78)。而湖北的发病率要高出去120多倍。这也可以看出湖北省需要外援,因为湖北远远超出了它的surge capacity.

 

为什么我要用江苏的数据?因为我想预测一下美国的情况。当然一个是省,一个是国家,可比度不高,但我觉得江苏的教学科研水平,还有整体医疗和疾控水平在全中国是名列前茅的,所以借鉴一下江苏的数据再来预测一下美国的情况也未尝不可。

 

再看看世界卫生组织(WHO)的报表(除中国外)。截止217日,共683病例来自15个国家。其中24人是无症状的,占3.5%。下面有二张流行曲线图,第一张是根据208例的发病日期和旅行史的分布图。除了有湖北旅游史外,无旅游的粉红色比例很大,这不难看出和病人接触也是主要的发病危险因素之一。

 


第二张是根据683例的报告日期和旅行史的分布图。除了有湖北旅游史外,无旅游的粉红色外,蓝色(international conveyance)比例占很大,估计是指邮轮上的暴发。比较这两张图可以看出从发病到最后的统计上报相差约15天,二周左右。

 


 

那么邮轮上的情况如何呢?根据这条消息,https://www.theguardian.com/world/2020/feb/16/coronavirus-70-more-cases-on-japan-cruise-ship-as-china-infections-pass-68000 截止2/15 23:42 EST日本共检测钻石公主号上1219(检测比例33%),阳性355 29%),无症状者73占所有阳性者20.6% 比例之高让我惊讶。每5个阳性中,1人无症状。换句话说,无症状感染者比例是6%73/1219)。这究竟是检测的准确度问题(比如假阳性)还是真得有那么多不发病的病毒携带者?目前还不知道。WHO的无症状感染者占病例数的3.5%,钻石公主号邮轮上却占20%。也许邮轮这个特殊的setting加速了人到人之间的传播?

 

 

美国情况如何呢?

 

目前美国总共调查了疑似病例(Persons under investigation, PUI)共443人,分布在42个州,检测了362人,阳性(即病例)15人,分布在7个州,阳性率4.1%81人待测。

 

假设WHO的数字更能反应实际情况,即3.5%的病毒携带者不发病,那么美国CDC主任Dr. Robert Redfield的陈述就很客观了,此病毒也许就会在我们中间留存下来了,随便我们怎么想办法也不会完全控制,也许今年一直有,也许明年还会有,因为它一直在人际中传播。当然天气转热会对病毒在体外的存活能力有一定的影响,但是人到人通过飞沫,通过接触传播,关键是一定比例的无症状的携带者的存在,控制消灭有一定的难度。所以我猜也许哪天你会说“我感染了二傻子病毒”。因为WHO命名此病毒为SARS-CoV-2我不喜欢我就把它叫成“二傻子”病毒(傻子是SARS的谐音,2指第二个SARS病毒)。我喜欢的命名是Wuhan-CoV(病毒),然后命名此病毒产生的疾病是Wuhan Virus Associated Pneumonia (WVAP, 读成WVAP,简单,明了),不过WHO命名,我这个小罗罗兵也没发言权,也只能在这里哼唧两下。COVID-19也行,就是没有啥纪念意义。可是如果是命名为Wuhan-CoV,后人们就知道此病毒的发源地,暴发时间,也记得Wuhan Lockdown. 总之会给后人学习此病毒和疾病带来很多方便。

 

跑题了,回正道!如果我们觉得江苏的疫情数字比较准确地反映此病毒的本身,那我觉得我们会在美国看到更多的病例,但不必那么慌张,是不是?但如果钻石公主号的无症状感染率在6%,这就比较头疼了。但愿不会!如果是真的,那真正准确的病死率来衡量此病毒的毒性真是关键了。现在病死率的数字变化太大,不知道哪个更准?截止2/17,中国的官方病死率约2.5%1772/70635),WHO的报表病死率是0.44%3/683),江苏的是0病死率(0/626),如果病死率跟流感一样(0.02%0.2% depending on seasons),那最后我猜美国对付COVID也只能效仿对付季节流感那样了?也许要多加一点,就是万一有确诊病例,追踪密切接触者(估计主要着重于家庭密切接触者),对这些密切接触者采取quarantine,但也许不会要14天?不然还能怎么办?

 

这只是我的一点预测。

 

 

最后祝大家保持冷静并记住WUHANF来保持你的健康和你周围人的健康,以防止此病毒在海外蔓延。

 

Wash your hands often  (勤洗手)

Use masks properly and when necessary  (当需要时正确戴口罩)

Have your temperature checked for fever(用体温计测体温)

Avoid large crowds and stay home if you’re sick  (生病了呆在家不要去拥挤的公共场所)

Never touch your face with unclean hands (千万不要用的脏手碰你的脸)

Follow the recommendations and/or orders from your health authorities if you recently returned from China (20020202起从中国入境美国的所有人听从你们地区卫生部门的建议和命令)

 

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关于我毕业于中国某医学院公共卫生专业,1997年来美国留学2001年获科学博士学位,从2002年起“战斗”在美国某地区的Health Department,任职Sr. Epidemiologist (高级流行病学工作者)和流行病部门经理。去年光荣退休。“专家”谈不上,但是通过工作在美国第一线的17年中积累了不少经验,也学到了书本上学不到的知识。曾参与或领导了大几百个大大小小的传染病爆发,涉及的传染病有很多种,从空气传染的麻疹肺结核到呼吸道传染的百日咳和流感,从食物传播的甲肝和沙门氏菌肠道炎到蚊子传播的西尼罗河和塞卡,从环境传播或人到人传播的Norovirus到水传播在高尔夫球场的寄生虫疾病。也曾为地区0病例的萨斯(SARS),中东病毒(MERS),埃博拉EBOLA)忙得不可开交。我也曾经和美国联邦CDC的专家并肩合作调查疾病爆发并发表文章,也曾和其他州的专家一起电话会议为一个传染病的暴发共同寻找传染源。曾经因为作为第一作者报道了一例特殊的超级细菌病例获得了全球的关注,那篇文章获得了当年美国CDC最受关注的文章第一名,获得全世界排名top 100 (分母数是2.2 million). 那年被来自好几个国家的几十家媒体采访,其中也包括美国主流媒体NBC NewsCNNSTAT News).  传染病流行病现在已非我的工作,因为我退休了,但那是我的passions 之一。

 

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